조선 중기 유학자이자 경세가인 율곡 이이(栗谷 李珥, 1536~1584) 선생의 유적지이다. 이이 선생은 퇴계 이황의 학문을 더욱 발전시켜 중국의 성리학과 차별되는 조선 성리학의 토대를 닦은 인물로서 우리나라 정신사에 지대한 업적을 남긴 인물이다. 율곡 이이를 배향한 자운서원, 율곡 이이와 신사임당의 묘소를 포함한 가족묘역이 한 공간에 모여 있는 파주 이이 유적은 율곡 이이 관련 유적을 대표하는 곳으로, 한 인물에서 근원한 문화유산이 모여 있는 장소성의 가치가 큰 곳이다. 유적지 내에는 율곡 선생을 비롯한 가족묘역과 선생의 위패를 모신 자운서원이 자운산 자락에 위치해 있다. 가족묘역에는 율곡 선생과 부인 곡산 노씨 묘를 비롯해 부모인 이원수와 신사임당 합장묘, 선생의 형 이선 묘, 아들 이경림 묘 등이 중심묘역을 이루며 그 외의 가족묘 등 모두 14기가 조성되어 있다. 자운서원은 1615년(광해군 7)에 선생의 학문과 덕행을 추모하기 위해 건립되어 1650년(효종 원년) ‘자운(紫雲)’이란 현액을 하사 받은 사액서원으로, 1713년(숙종 39)에 선생의 제자인 김장생(金長生)과 박세채(朴世采) 선생을 추가로 모셨다. 1868년(고종 5) 대원군의 서원철폐령에 따라 없어졌다가 1970년 유림의 기금과 국가지원을 받아 복원하였다. 이외에도 1683년(숙종 9)에 건립된 ‘자운서원 묘정비(紫雲書院 廟庭碑)’와 ‘이이선생 신도비’ 유적 등이 있으며, 율곡 선생의 유품 및 일대기를 전시한 율곡기념관이 자리 잡고 있다. 1973년 자운서원, 율곡이이묘, 신사임당묘가 각각 경기도문화재로 지정되었다가 2013년 2월 율곡이이 관련 유적이 한 공간에 모여 있는 장소성이 인정되어 국가사적 제525호 파주 이이 유적으로 승격되었다.