산굼부리는 천연기념물로 둘레가 2㎞가 넘는 화구이다. 제주도에는 360여 개의 기생화산이 분포되어 있지만 이곳 산굼부리를 제외한 다른 화산은 모두 대접을 엎어놓은 듯한 분화구의 형태이고, 산굼부리 분화구만은 제주도에서 유일하게 용암이나 화산재의 분출 없이 폭발이 일어나 그곳에 있던 암석을 날려 그 구멍만이 남게 된 것이다. 이러한 화산을 마르(Maar)라고 부르는데 한국에는 하나밖에 없는 세계적으로도 아주 희귀한 화산이다. 특히, 산굼부리 밑바닥에는 틈이 많아서 물이 모두 스며들기 때문에 이 화구 안에는 식물의 생태계가 특이하게 분포되어 있다. 분화구의 내부높이에 따라 온대와 난대지역이 형성되어 있고 태양이 비치는 일사량과 일조시간에 따라 다양한 분포를 이루고 있다. 즉, 햇볕이 잘 드는 북쪽벼랑은 난대지역을 이뤄서 붉가시나무를 비롯해서 후박나무, 구실잣밤나무, 센달나무 등 상록활엽수군이 형성되어 있으며, 그 아래층에는 금새우란과 같은 희귀 식물과 자금우, 겨울딸기 등이 분포되어 있다. 또한, 햇볕이 잘 들지 않는 남쪽벼랑에는 북쪽과는 판이한 분포를 이루는 상수리나무를 비롯하여 졸창나무, 산딸나무, 단풍나무, 곰솔등 온대성낙엽수 군락이 진을 치고 있다. 뿐만 아니라, 다른 곳에서는 보기 힘든 왕쥐똥나무군락을 비롯해서 상산 군락, 제주조릿대군락, 복수초군락, 변산바람꽃군락등이 매우 화려하고 완벽하게 보존되어 있음은 학술적으로도 연구 가치가 매우 높게 평가되고 있다. 그리고 노루와 오소리 등의 포유류를 비롯하여 조류, 파충류 등 야생동물들의 서식처로도 유명하다. 봄에는 분화구 밑바닥에서 구름이 형성돼서 위로 올라가는 모양이 신비에 가까우며, 쑥부쟁이를 비롯한 무룻과 용담, 물매화 등 천연색 꽃과 더불어 이 산굼부리에는 일 년 사시사철 관광객들에게 신비와 아름다움을 보여준다.

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