신두해안사구 입구에 만들어진 신두리사구센터는 사구 생태공원 안에 있는 각종 동식물과 해안사구에 대한 정보를 입체와 영상으로 재현해 놓은 공간이다. 내부에는 전시실, 영상실, 다목적실, 연구실, 사무실, 홀 등이 마련되어 있다. 또한 신두리는 자연적인 특성상 해풍의 영향을 많이 받는 지역이므로 사구지형에 미치는 영향을 최소화하고 주변 환경과 수평적 이미지를 극대화할 수 있는 건축물로 설계되어 있다. 센터 내부로 들어가면 로비 오른쪽에 신두리사구의 여러 모습을 사진으로 전시하고 있다. 전시공간에는 신두리사구에 관한 정보를 엿볼 수 있다. 박물관 전시시설은 4E(Entertalnment(흥미), Experience(체험), Education(교육), Efficiency(효율))가 접목된 자연생태계를 그대로 간직하고 있는 신두사구 생태를 그대로 연출해 놓았다. 특히 전시박물관은 해설사와 관람객들이 최적의 관람환경에서 공간적 구성요소를 고려한 동선과 관람자와 정보교환이 가능한 디지털 매체를 적용하여 직접 보고 만지고 느끼는 체험위주의 전시시설로 꾸며졌다. 또한 해안사구의 특징과 형성과정 및 신두사구에 서식하고 있는 동식물의 생태를 집약해 놓은 테마의 콘텐츠 구성으로 간결한 표현과 관람객 참여로 이루어지는 상호 커뮤니케이션이 가능한 스토리로 구성했고 전시물의 교체 전시가 가능한 가변적인 공간으로 운영하여 효율성을 극대화하였다. 전시공간을 둘러보고 나면 신두사구의 역사와 가치, 사구 생태계를 이야기 형식으로 쉽게 이해할 수 있도록 구성해 놓은 체험 공간임을 한눈에 알 수 있다. 또한 영상관에서는 영상 자료를 통해 관람객들에게 신두사구에 대한 궁금증을 풀어준다. 신두리사구센터 건물 앞쪽 실외 공간에는 선큰가든, 사구체험장, 사구배후습지체험장을 조성하여 관람객들이 한자리에서 신두사구의 모습을 한눈으로 보고 체험할 수 있는 공간을 만들어 놓았다.