주문진 해양박물관은 주문진해안의 주차타워 2층에 자리 잡고 있다. 주차타워 2층에 주차하면 어렵지 않게 입구를 찾을 수 있다. 1층은 매점과 화장실, 수유실이 있고, 전시장은 2층에 위치해 있다. 입구부터 양옆으로 바닷속에 사는 생물들의 박제 인형이 전시되어 있다. 큰 규모의 전시장에 많은 갑각류와 암석들이 전시되어 있으며, 다양한 보석과 운석, 해양식물 표본, 색색의 예쁜 조개껍데기, 희귀한 산호, 암석 등이 전시되어 있다.