운곡서원은 조선 선조 35년에 충주목사 정구(鄭逑)가 이미 있던 백운서당에 주자를 모시고 백운서원(白雲書院)이라 하였으며 현종 2년에 정구를 배향하고 운곡서원이라 하였다. 숙종 2년에 사액서원이 되었고 이때 주자의 영정과 화상찬을 받았던 것으로 보인다. 고종 8년 흥선대원군의 서원철폐령에 따라 폐원되었다가 고종 31년에 서원을 다시 지었다. 1963년 중수하였으며 1998년과 2000년에 각각 동재와 서재를 재건하였다. 운곡서원의 공간 배치는 지세에 따라 남동향으로 2단으로 이루어져 교육 공간과 제사 공간으로 크게 나뉘는데 앞쪽 교육공간에는 강당과 동·서재를 두고 뒤편의 제사 공간에는 운곡서원(雲谷書院)이라는 현판이 걸린 사당이 있다. 전체적으로 강당이 전면에 위치하고 사당이 뒤쪽에 위치하는 전당후묘식(前堂後廟式)의 배치법을 따르고 있다.

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