용굴암은 1878년 스님들이 천연 자연동굴에서 부처님을 봉안하고 참선수행 정진하면서 시작된 사찰이다. 사명은 지금의 나한전인 자연동굴에서 기인였다. 1882년 임오군란 때 명성황후가 여주 지방으로 피신 가던 중 잠시 몸을 의탁하여 기토하였고, 환궁하여 불사를 지원하고 보시한 인연 공덕으로 매년 음력 9월 9일에 명성황후 다례재를 봉행하여 오고 있다. 한국전쟁으로 인해 폐사될 위기를 맞기도 했지만 스님들의 중건과 중수로 유지되어 오고 있다. 혜암스님은 법당을 중수하고 1977년에는 범종각을 지어 범종을 조성 봉안하였다. 1983년에 재정스님이 대웅전과 나한전을 중수하고 석조 석가모니불좌상과 16나한상을 봉안하였으며, 1991년에는 미륵불상을 봉안하였다. 대웅전 불사 중 1935년에 박금강심 보살의 시주로 많은 불사가 이루어졌다는 기록과 다라니가 발견되었다. 용굴암은 자연동굴로 이루어진 나한기도 도량으로, 특히 대웅전에는 개금을 한 석조 석가여래좌상이 모셔져 있다.