정개청이 1589년 일어난 기축옥사(정여립의 모반사건)에 연루되어 유배되었다가 세상을 떠나자 그의 문인들이 스승의 신원운동을 전개하면서 1616년 건립하였다. 1678년 조정으로부터 자산서원이라는 사액을 받았으나 계속되는 남인과 서인의 당쟁으로 훼철과 복설(復說)을 되풀이하였다. 이후 1868년 흥선대원군의 서원 철폐령에 이르기까지 무려 5차례의 훼철을 당하였고 8·15 해방 이후 1957년에 복설 된 뒤 1988년 대규모의 복원공사를 하여 오늘에 이르렀다. 1987년 6월 1일 전라남도 유형문화재로 지정된 정개청 문집 《곤재 우득록(愚得綠)》 목판이 소장되어 있다.