삼천사는 661년 원효대사에 의해 창건되었고, 『신증동국여지승람』과 『북한지』에 따르면 그 규모가 대단히 커서 3,000여 명이 수도할 정도로 번창했다고 한다. 사찰 이름도 이 숫자에서 유래한 것으로 추측된다고 하지만 최근의 고고학적 조사를 거치면서 ‘三千’이 아니라 ‘三川’이라고 새겨진 기와가 발견되어 삼천사를 두 가지 의미로 사용되었다는 것을 알 수 있다. 임진왜란 당시 승병의 집결지로 사용되기도 하였다고 전해지는 등 병화(兵禍)를 피하지 못하였으나 뒷날 이 절의 암자가 있던 마애여래 길상터에 진영대사가 다시 복원하였다. 그리고 1970년대 성운스님이 주석하여 경내에 있는 천년고불 마애여래입상(보물 제657호)을 보물로 지정받으면서 순차적으로 대웅보전, 산령각, 천태각, 연수원, 요사채 등의 건물과 세존진신사리탑, 지장보살입상, 종형사리탑, 관음보살상, 5층 석탑, 중창비 등을 조성하여 현재의 모습을 갖추게 되었다. 1999년부터 2003년까지, 2005년부터 2007년까지 두 차례에 걸쳐 원래의 절터를 대상으로 지표조사 및 발굴조사를 전개해 그동안 알려지지 않은 많은 사실들을 찾아내는 성과를 얻었다.

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