조선왕조실록에 태조가 인왕사에서 조생스님을 만났다는 기록이 있는 것으로 보아 태조의 후원으로 늦어도 1397년에는 사찰이 창건되었음을 알 수 있다. 창건주는 무학대사와 조생선사이며, 매월 초하루 보름마다 내원당에서 법회를 올리고 강설은 호국인왕금강반야바라밀경을 설하였다고 한다. 세종 때는 조선왕조를 수호하려는 뜻에서 산의 명칭을 인왕산이라 칭하고 사찰을 인왕사라 부르게 되었으나, 연산군 때 궁궐이 보인다 하여 복세암과 금강굴과 함께 인왕사도 폐사되었다. 그 후 복원되어 상당기간 유지되었으나 임진왜란 때 소실되어 폐사지만 남게 되었다. 이후 1910년경 선바위를 중심으로 박선물 거사가 선암정사를 지어 서옹, 탄옹, 자인, 대원스님 등이 뒤를 이었으며, 대원암, 보광전, 관음전, 극락전을 짓고 수도 정진하였다. 1942년에는 조계종 봉은사 말사로 편입되었고, 1977년에는 인왕사 내 5개 전각과 토지가 인왕사에 증여되어 1988년에 전통사찰 인왕사로 지정등록되었다.