태인향교는 최익현 의병장이 이끄는 태인의병이 머무르며 전력을 강화하였던 곳이다. 최익현은 1900년 4월 충청남도 정산으로 내려와 있었다. 을사늑약이 체결되자 최익현은 전라북도 태인으로 내려가 1906년 6월 4일 임병찬과 함께 무성서원에서 태인의병을 일으켰다. 태인의병이 곧바로 태인읍으로 진격하자 태인군수는 의병의 기세에 눌려 달아났다. 태인의병은 태인향교에 머무르면서 관아의 무기를 확보하고 의병을 모집하여 전력을 강화하였다. 1906년 6월 5일 태인을 떠난 의병은 정읍과 곡성을 거쳐 순창까지 진격하였다. 6월 11일 순창에서 관군과 마주치자 최익현은 일본군이 아닌 같은 민족과의 싸움을 피하고자 태인의병을 해산하였다.

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